Spontan würden mir zwei Möglichkeiten einfallen:
1. Du modellierst jeden Skin den du bearbeiten willst so um, dass einzelne Bereiche (Augen, Mund, Bart, etc.) eigene Texturen haben, die du dann individuell mit engineApplyShaderToWorldTexture ansprechen kannst
2. Oder, was vermutlich sinniger ist, du erstellst für jede Kombination von Gesicht (z.B. Brauner Bart & Blaue Augen, Roter Bart & Grüne Augen, etc.) eine Textur, die du dann je nach Einstellung des Charakters per Shader setzt
Womöglich gibt es hier bessere Methoden, die ich jedoch nicht kenne.